1.对发生的安全事故，反映出A公司在安全管理上存在的具体问题：A公司不应当将建设工程主体结构的施工进行分包;应当审核批准分包商编制的专项施工组织设计和施工方案，包括安全技术措施;应当提供或验证必要的安全物资、工具、设施、设备;应当确认分包商进场从业人员的资格。

对发生的安全事故，反映出B公司在安全管理上存在的具体问题：要服从总包单位的安全生产管理;应认真贯彻执行工地的分部分项、分工种及施工安全技术交底要求;在施工期间必须接受总包方的检查、督促和指导;对各自所处的施工区域、作业环境、安全防护设施、操作设施设备、工具等必须认真管理，发生问题和隐患，立即停止施工，落实整改。

2.B公司处理软弱土层基槽做法违反规范中的支撑应随着挖土的加深及时安装，在软土或其他不稳定土层中，开始支撑的沟槽开挖深度不得超过1.0 m的规定，开挖与支撑交替进行，每次交替深度0.4-0.8m。

3.法院不应当受理B公司的诉讼。

理由：分包合同中约定出现争议后通过仲裁解决。

4.该分包合同无效。

法律依据：A公司不应当将建设工程主体结构的施工进行分包。

5.该分包合同不应当继续履行。

针对已完成工作量应当实际已经完成工程量来结算。

6.发生事故后B公司应该支付合同总价的0.5%作为补偿。

理由：无效合同有过错方应赔偿对方受到的损失双方都有过错根据过错大小各自承担相应责任。