（1）甲研究所可以将该设备提存。根据规定，债权人无正当理由拒绝受领的，债务人可以将标的物提存。（2）甲研究所有权要求乙公司付清全部余款并赔偿损失。根据规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，在履行义务或者采取补救措施后，对方还有其他损失的，应当赔偿损失。（3）①甲研究所可以不再向乙公司交付约定的设备。根据规定，合同解除后，尚未履行的，终止履行。②甲研究所不能不向乙公司返还100万元的预付款。根据规定，预付款没有担保的性质，当事人解除合同后，甲研究所应当向乙公司返还预付款，但可以要求乙公司承担赔偿责任。（4）保证关系的当事人包括保证人丙公司、被保证人乙公司和债权人甲研究所。（5）甲研究所可以直接要求丙公司承担保证责任。根据规定，当事人在保证合同中对保证方式没有约定或者约定不明确的，承担连带保证责任。在本题中，由于未约定保证方式，保证人丙公司应承担连带保证责任，因此，甲研究所可以直接要求丙公司承担保证责任。